洪承畴的一招分兵，搞得何苦有些进退不得，茫然的不知自己改干什么。趁着清军自己削弱了军力，招呼张南等部配合，一举光复应天府，何苦自信还是做得到的，但是为了这事把朱由崧搭进去，他可就赔惨了。
何苦在士绅间的形象一直都不太好，江南各省中没有任何一省肯拥戴他便是明证，所以即便何苦光复了应天，也不会出现万众归心、天下拥戴的场面。若是在光复应天的过程中，朱由崧再不幸遇难了，何苦不仅会失去政治上的支柱，还会给扣上故意害死朱由崧的大帽子。不能以偷袭的手段，一举拿下应天，何苦还真就不敢轻易向应天试探。何苦光复了常州之后，便在常州停了下来，让部队休整的同时，他要和好好的研究一下下一步该怎么办。
何苦在常州发呆，杭州却已经是一片战火。一直很谦和的鲁王朱以海有点不靠谱，他手下的方国安、王之仁等将领也有些不靠谱，但在大是大非上，这不靠谱的君臣，全都很靠谱。隆武皇帝朱聿键很爷们儿，但他受制于郑芝龙根本难有什么作为，最多就是痛快痛快嘴而已。朱以海不怎么喊口号，但他是真心敢干。
江阴战役打响，登莱军开始陆续向江南投送兵力之后，浙东上下敏锐的捕捉到了战机。登莱军的南下，给了各地清军极大的军事压力，清军纷纷北援，浙江兵力相对空虚，他们动手的时候到了。
八月初，方国安与王之仁相互配合，利用苏州光复，清军主力在常州一线与登莱军激战的机会，相继收复了富陽、于潜等地。何苦渡江亲征，博洛大军败逃常州之后，方国安和王之仁更是开了对杭州的进攻，希望利用这千载难逢的机会收复杭州。除了正在与博洛玩机关枪的何苦，各方势力都对这次光复杭州的战役极为重视，就连现在已如丧家之犬的马世英，都带着自己仅存的数百黔军赶来助战。
浙东的抗敌热情很高，但是他们的对手实在太强大了。此时坐镇杭州的闽浙总督张存仁，那是曾经祖大寿的麾下副将，正儿八经的关宁铁骑出身，用兵相当的老辣。张存仁都没亲自出手，只是派遣副将张杰、王定国出击，便将方国安、王之仁、马世英杀的大败，斩首四千级。
大军退回富陽，还未来得及收拢，王定国又追击而至。这次才是真正的大败，立足维稳、军心未定的明军，被王定国彻底击溃，残部还被王定国追杀了二十余里。方国安的亲儿子方士衍等人，也力战被俘，最后惨烈殉国。
明军这次败的很惨，但是何苦在苏州、常州却是高歌猛进，时机不容错过，鲁王朱以海只能再次出击。八月中旬，朱以海晋封方国安为越国公、王之仁为兴国公，并且筑坛拜方国安为大将，节制诸军。然后文弱的朱以海又亲自到钱塘江边西兴犒军，每名士兵赏银二钱，鼓舞军心士气，让大伙儿克复杭州，为国尽忠。
方国安、马士英、王之仁选派总兵三员，领兵二万，从朱桥、范村、六和塔三处过江，直至张家山、五云山、八盘岭等处，迫近杭州府城。张存仁也与梅勒章京朱马喇、济席哈、总兵田雄、张杰等分兵三路迎击，两军在杭州城下再次开战。这次明军败的比上次还惨，被俘的副将就有十一人，参将、游击、都司、守备更是达到了四十八人。参与此次战役的各路义军，也是相继战败。经此惨败，鲁监国政权的将领们壮志顿消，只能转为划江扼险的守势。
朱以海麾下这些长期未经战阵，疏于训练，装备不精的士兵，空有一腔热血，自然不是清军老兵们的对手，现在想休整防守，却也没有了机会。杭州战役刚刚结束，从常州逃来的博洛便到了杭州，马上整顿清军准备给朱以海致命一击，彻底统一全浙。
博洛率部陈兵于钱塘江北岸，王之仁则汇合各路义军，集结了二百余艘战船，游弋江上随时接战。博洛这次没了船，小股部队也不敢和王之仁的大队接触，只能暂时停留在岸边观望。当天下午，闲着无聊，又对登莱军心有余悸的博洛，下令清军各部清剿钱塘江以西的明军残部，不成想却取得了惊人的战果。
清军小股部队对富阳附近的残余明军开始扫荡式进攻，北蜂山明军守将潘茂斌等败走，清军数百骑兵发起了追击，这都不算是什么事，但后面的事可就离谱了。潘茂斌等退往东岸的时候落下了几艘小船，胆子特肥的清军游骑居然就用这几艘小船拖拽着马匹过了江。当晚清军骑兵过江的消息，便传遍了明军江防阵地，立马便是诸军皆惊。
方国安虽然拥兵十万，但大败刚过，胆子都给打没了。此时听闻清军过江，他哪里还敢再战，马上下令不战而退，连夜拔营退往绍兴。老熟人马世英正在方国安军中，彷徨无计的方国安问计于马世英，老马自然还是那个主意，跑吧！到达绍兴之后，他们马上护着朱以海开始南逃。
江防可不止方国安一支部队，王之仁以及各路义军全都在呢！老方跑路的消息，第二天一早便传遍了各军，只说清军已渡江，越国公率军南逃了。这军心士气如何还维持得住，马上便是一场卷堂大散，各部相继在未遭到任何攻击的情况下溃败而走。博洛都没弄明白怎么回事，对面颇为壮观的江防突然就没了，搞得博洛也是莫名其妙。
清军之后便没有战事了，因为明军已经跑光了，他们用了五天的时间才过了钱塘江，然后便旅游一样走进了绍兴城。朱以海是个文弱的人，他有抵抗到底的决心，但却没有撞南墙的勇气，浙东事已不可为，他也不会死在浙东。所以退至台州的朱以海，很明智的决定杨帆出海，他要去松江投靠何苦，监国他是不灵了，还是找何苦来救援浙江吧！
朱以海前去找何苦求援，也不能扔了浙江不管，所以他命张国维防遏四邑，以图后举。张国维回防东阳，但局势已经彻底糜烂，根本就守不住了，心志不屈的张国维赴水而死。清军破义乌，取东阳，下金华，陷衢州、严州，迅速平定了整个浙东。方国安兵败黄岩为清军所杀，阮大铖则投降了清军。神奇的老马，没跟着朱以海去见何苦，也没投降清军，直接下落不明了。
钱塘溃败之后，王之仁也知道浙东情势已不可为，但他手里还有一定的实力。所以王之仁率领所部官兵乘船数百艘，携带大批辎重由蛟门航海到舟山，打算同隆武朝廷的肃虏伯黄斌卿会师再图恢复。隆武朝那批人，人品好的武将是真心不错，黄斌卿便趁火打劫炮击王之仁，劫走了王之仁的兵、船、辎重。王之仁对黄斌卿的背信弃义痛恨不已，但也无力回天。举家一宴之后，王之仁把家属九十三人的坐船凿沉，全部溺海而死，自己留下一条大船，竖立旗帜，大吹大擂的直驶吴淞江口。王之仁被清军送到了南*京应天府，他坦白心志，痛骂洪承畴之后，慷慨就义。浙东鲁监国政权几乎覆灭，群臣之中许多人都有污点，但慷慨死节者不在少数。
浙东覆灭之后，守御浙闽交界仙霞岭的隆武朝大将郑芝龙，以备海寇为由，尽撤兵回安平镇。随后，清军克建宁，进兵入闽。